Human gene count drops again

February 04, 2008




Before the human genome was sequenced and the results published in February 2001, some biologists speculated that there might be 100,000 or more different genes. Later in 2001 the estimated numbers were still sometimes between 60,000 and 90,000. (See here, here, here.) More conservative estimates at the time were around 35,000, and that gradually fell to about 25,000 over the next several years.

The problem is that there are no dependably unambiguous markers within the DNA itself to identify where a potentially active gene starts and ends. Remember that every strand of DNA has a sense of directionality established by the two ends of the strand, which are chemically distinct and called the 5′ and 3′ ends. The enzymes that transcribe DNA into RNA always read from the 5′ to the 3′ end, so the start of a gene is closer to the former than the latter. Every gene also has a "promoter" region, which is a short DNA sequence located in the 5′ direction ("upstream") from the gene itself. Transcription factors attach themselves to the promoter region in order to enable gene transcription.

Although it is relatively easy to recognize promoter regions, they can be located far from the gene itself, and it's still often difficult to predict where the corresponding gene (if any) actually begins. See here for much more detail on gene finding.

Initial high estimates of gene numbers were made indirectly, based on the number of distinct proteins that existed in human cells. It was known that this number was at least 100,000 or more, possibly a lot more. But this was misleading, because it wasn't well understood that a single gene could code for multiple proteins, through the process of alternative splicing.

One clue to the actual start of a gene is the presence of a start codon. This is a specific three-letter sequence (ATG). In eukaryotes this codon encodes the amino acid methionine, but it is usually preceded by a "5′ untranslated region" ("5′ UTR") as further identification. The end of a gene is marked by a stop codon. The portion of DNA between the start and stop codons is called an "open reading frame" (ORF). Another condition needed is a sequence of enough codons (100, i. e. 300 nucleotides) in order to encode a working protein.

It is still not true that all sufficiently long open reading frames correspond to actual genes. There are various heuristics used to identify ORFs that do not really correspond to genes, but potential uncertainty remains, because there's no unambiguous way to tell from the DNA itself that a particular ORF actually corresponds to a working gene. It might instead, for example, have been an actual gene in some distant human ancestor but is no longer functional in humans. (Such things are known as "pseudogenes".)

But now that we know the DNA sequences of various other mammals, it is possible to identify more pseudogenes in human DNA, further reducing the total count of actual functioning genes.

Human Gene Count Tumbles Again

Estimates of the number of genes in the human genome have ranged wildly over the past two decades, from 20,000 all the way up to 150,000. By the time the working draft of the human genome was published in 2001, the best approximation stood at 35,000, yet even that number has fallen. A new analysis, one that harnesses the power of comparing genome sequences of various organisms, now reveals that the true number of human genes is about 20,500, thousands fewer than what is currently listed in human gene catalogs.

The initial clue that not all sequences among the 25,000 that had been settled upon as "real" human genes actually were such is that many did not correspond to genes identified in the mouse genome. This was suspicious, since working, useful genes in the common ancestor of humans and mice ought to be conserved in both later species.

A supposed human gene which did not correspond to a mouse gene might have appeared in the time since humans and mice diverged from their common ancestor, or the gene might have been lost by mice (but not humans) sometime after the common ancestor. On the other hand it might not be a real human gene at all (having lost functionality along the way). One method to distinguish between these two cases is to check whether an analogue of the supposed gene could be found in a primate genome, since the primates whose genomes have been cataloged (macaques and chimpanzees) are much more closely related to humans than mice are.

Ultimately, almost 5000 pseudogenes have been removed from the earlier list of 25,000 human genes. Sequences of human DNA that appear to be genes but do not correspond to genes in mice and dogs, yet do correspond to genes in macaques and chimpanzees, are considered real. The remainder, mostly, are considered pseudogenes:

To distinguish such misidentified genes from true ones, the research team, led by Clamp and Broad Institute director Eric Lander, developed a method that takes advantage of another hallmark of protein-coding genes: conservation by evolution. The researchers considered genes to be valid if and only if similar sequences could be found in other mammals – namely, mouse and dog. Applying this technique to nearly 22,000 genes in the Ensembl gene catalog, the analysis revealed 1,177 “orphan” DNA sequences. These orphans looked like proteins because of their open reading frames, but were not found in either the mouse or dog genomes.

Although this was strong evidence that the sequences were not true protein-coding genes, it was not quite convincing enough to justify their removal from the human gene catalogs. Two other scenarios could, in fact, explain their absence from other mammalian genomes. For instance, the genes could be unique among primates, new inventions that appeared after the divergence of mouse and dog ancestors from primate ancestors. Alternatively, the genes could have been more ancient creations — present in a common mammalian ancestor — that were lost in mouse and dog lineages yet retained in humans. ...

After extending the analysis to two more gene catalogs and accounting for other misclassified genes, the team’s work invalidated a total of nearly 5,000 DNA sequences that had been incorrectly added to the lists of protein-coding genes, reducing the current estimate to roughly 20,500.



Tags: genes, human genome, genomics







Source: http://scienceandreason.blogspot.com/

Vorming van het Christendom

door Allard van der Weide
November

Dit wordt wellicht de meest cruciale pagina van deze hele website, namelijk de ontstaansgeschiedenis van de basisvorm van het christelijk geloof zoals wij dit nu kennen. Vele christenen zullen moeten erkennen niet te weten hoe de huidige vorm van het christendom is ontstaan. Terwijl dit wezenlijk is om te doorgronden waar het christelijk geloof op is gebaseerd. Velen ook zijn de mening toegedaan dat geloof en politiek elkaar niet mogen 'raken', terwijl de vorming van het christelijk geloof geheel en al een politiek spel was. Met als centraal middelpunt Keizer Constantijn, die net als de andere keizers voor en na hem geen beste reputatie had. Vijanden in welke vorm dan ook konden rekenen op een onthaal in de arena (om door leeuwen te worden verscheurd) of andere barbaarse vormen van marteling of executie. Deze Keizer die zelfs zijn eigen vrouw en zoon vermoorde zag in al die kleine vormen van christendom (arianisme, gnostiek, marcionieten en ebionieten, met elk hun eigen ideeën en inzichten) een potentieel gevaar voor zijn macht en gezag.

Een van de belangrijkste spelers in deze operatie was een figuur die Eusebius heette. Aan het begin van de 4e eeuw stelde hij uit leugens en verzinsels, en door een beroep te doen op zijn eigen fantasie de enige geschiedenis van het vroege christendom samen die ook vandaag de dag nog bestaat. Alle geschiedenissen die daarna werden geschreven, waren gedwongen zich te baseren op de twijfelachtige beweringen van Eusebius, omdat er verder nauwelijks informatie aanwezig was. Iedereen die er een andere opvatting op na hield werd als een ketter gebrandmerkt en weggevaagd. Op die manier zijn onwaarheden die in de vierde eeuw bijeen werden gebracht als feiten aan ons doorgegeven.

Eusebius werd aangesteld door de Romeinse keizer Constantijn, die het christendom tot staatsgodsdienst van het rijk maakte en het christendom van de letterknechten de macht gaf die het nodig had om het heidendom en de gnostiek met wortel en tak uit te roeien. Constantijn wilde ' één God, één religie' om er zijn vordering van ' één rijk, één keizer' mee te verstevigen. Hij zag erop toe dat de geloofsbelijdenis van Nicea in het leven werd geroepen, die tot op de huidige dag in kerken wordt herhaald, en de christenen die weigerden deze belijdenis te onderschrijven werden uit het rijk verbannen of werd anderszins het zwijgen opgelegd.

Het concilie van Nicea wordt door velen als onafhankelijk integer en objectief gezien, terwijl ze dit niet was, de vele besluitvormen van dit concilie laten duidelijk zien dat de druk van Constantijn een zware was. Er stond een peloton soldaten buiten het concilie op wacht.

De 'christelijke' keizer keerde toen van Nicea terug naar huis, waar hij zijn vrouw door verstikking om het leven liet brengen en zijn zoon liet vermoorden. Hij zag er doelbewust van af zich te laten dopen tot hij op zijn sterfbed lag, zodat hij toch door kon gaan met zijn gruweldaden omdat zijn zonden hem toch zouden worden vergeven en hij kon rekenen op een plaats in de hemel door zich op het laatste moment te laten dopen. Hoewel hij zijn 'mannetjesmaker' Eusebius een passende levensbeschrijving liet samenstellen waarin hij als plichtsgetrouw en gehoorzaam werd afgeschilderd, was hij in werkelijkheid een monster, net als vele Romeinse keizers die hem voorgingen. Is het dan werkelijk zo verassend dat een 'geschiedenis' van de oorsprongen van het christendom, die werd opgesteld door een employé van een Romeinse tiran, slechts een verzameling leugens blijkt te zijn. De geschiedenis wordt inderdaad geschreven door overwinnaars. Het voortbrengen van een geschikte geschiedenis heeft altijd deel uitgemaakt van het arsenaal van de politieke manipulatie. Keizer Constantijn heeft dit aangegrepen om zijn macht te verstevigen door een algemene kerk te promoten

Zo is het christelijk geloof gebaseerd op de 'meningen' en 'inzichten' van deze keizer, en valt mijns inziens moeilijk meer serieus te nemen.

Alhoewel anderen (ik heb o.a. een boekverslag gelezen van Ds Fahner) van mening zijn dat deze man gezien moet worden als de grondlegger van de kerk, welke alle andere vormen van ketterse religie zoals gnostiek (nota bene!) heeft uitgebannen, en zich sterk heeft gemaakt om er een kerk van te maken. Komt weer neer op het feit dat er één geschiedenis is, en dus maar één waarheid, maar ieder heeft zijn eigen interpretatie van deze waarheid, ik denk dat deze door keizer Constantijn aangestelde man, verre van objectief was, en zich heeft laten leiden door zijn broodheer (wiens brood men eet, diens woord men spreekt).

Zelf heb ik de geloofsbelijdenis van Nicea altijd heel mooi gevonden; "God uit God, Licht uit licht", etc In zekere zin mysterieus zelfs, maar ik durf te wedden dat geen enkel christen weet over de reden van het ontstaan van deze geloofsbelijdenis. Maar nu ik de diepere achtergronden weet, slaat de angst mij om het hart, dit is manipulatie in optima forma. Ik zou haast zeggen; "te paard, we zijn bedrogen". Predikanten, voorgangers, roergangers, stop met het vertellen van die leugens. Ja u liegt, en nog erger u liegt niet in onwetendheid, als zelfs ik, een redelijk nuchter maar soms tikkeltje naïef en goedgelovig mens al zie dat dit niet kan, dat het christelijk geloof niet klopt, weet u het toch zeker helemaal...... Wat ik helemaal schandalig vindt is dat ze het 'eeuwig leven' 'verkopen' alsof het een pond suiker is, en mensen die gaan sterven iets wijs maken, iets voorhouden, en dat ze mensen kunnen geruststellen 'uw zonden zijn vergeven' terwijl er niemand is die ze kan vergeven, alleen zelf kun je klaar komen met je eigen fouten (ik noem ze geeneens zonden), eroverheen stappen en de draad weer op pakken, en al doende creëer je je eigen hemel en je eigen hel.

Nog een pagina? kijk op de waarheid over de drie-eenheid

Quod erat demonstrandum

(je bent je eigen God)

Source: http://www.godenkinderen.com